จากเกาะทั้งหมดของจังหวัดสตูล เกาะหลีเป๊ะเป็นเกาะที่มีการก่อตั้งชุมชนที่เก่าแก่ที่สุดขึ้น ตั้งแต่สมัยรัชกาลที่ 5 ผู้ที่ร่อนเรอยู่กลางทะเลและเกาะอื่นๆ เริ่มมาตั้งรกรากอยู่บนเกาะหลีเป๊ะแห่งนี้

สำหรับชื่อของเกาะหลีเป๊ะแห่งนี้ ถ้ายึดตามความหมายของผู้ที่อาศัยอยู่ในท้องทะเล จะมีความหมายว่า "กระดาษ" นั่นก็เพราะว่าพื้นที่ทั้งหมดของเกาะหลีเป๊ะเป็นพื้นที่เรียบ ดังนั้นการเดินจากชายหาดหนึ่งไปอีกชายหาดหนึ่งจึงมีความสะดวกสบายอย่างมาก